Véritable colonne vertébrale du territoire, la Garonne traverse la communauté de communes sur plus de 20 kilomètres, entre Preignac et Portets. Mais elle est également parcourue par de nombreux cours d’eau. Ce réseau hydrographique comptabilise plus de 200 kilomètres de rivières et de ruisseaux.
En rive gauche du fleuve, le principal affluent est la rivière Ciron. Elle présente une biodiversité exceptionnelle, ce qui a justifié son classement en site Natura 2000 *.
En rive droite, la rivière de l’Euille qui prend sa source sur les côteaux de l’Entre-Deux-Mers, vient se jeter dans la Garonne à Cadillac. Comme le Ciron, une partie du fond de sa vallée est classée Natura 2000.
* Natura 2000 : Réseau européen de sites désignés pour protéger un certain nombre d’habitats et d’espèces remarquables et représentatifs de la biodiversité européenne.